Ο Ιωάννης Σπαντιδάκης σπούδασε στη Μαράσλειο Παιδαγωγική Ακαδημία Αθηνών και στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Το 1998, με υποτροφία του ΙΚΥ, έλαβε το διδακτορικό του στο ίδιο Τμήμα.
Έχει εργαστεί ως δάσκαλος και ως σχολικός σύμβουλος στην πρωτοβάθμια εκπαίδευση. Από το 2003 είναι επίκουρος καθηγητής στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης της Σχολής Αγωγής του Πανεπιστημίου Κρήτης.
Η επιστημονική και ερευνητική του δραστηριότητα επικεντρώνεται σε γνωστικά αντικείμενα όπως η ψυχοπαιδαγωγική του γραπτού λόγου, η διάγνωση, αντιμετώπιση και αξιολόγηση των προβλημάτων παραγωγής του γραπτού λόγου, ο ρόλος των υπολογιστών στην ανάπτυξη των μεταγνωστικών δεξιοτήτων παραγωγής γραπτού λόγου και η μόρφωση και επιμόρφωση των εκπαιδευτικών.
Μόνος ή σε συνεργασία με άλλους έχει δημοσιεύσει άρθρα, έρευνες και μελέτες γύρω από την ψυχοπαιδαγωγική και τα προβλήματα του γραπτού λόγου, καθώς και το λογισμικό "Ιδεοκατασκευές".
