Ο Χ. Μπαμπούνης σπούδασε ιστορία και αρχαιολογία στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών. Το 1998 αναγορεύθηκε δρ Νεότερης Ελληνικής Ιστορίας, το 2000 εξελέγη Λέκτορας και το 2004 Επίκουρος Καθηγητής στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Αθηνών.
