Η "Φαρμακευτική Χημεία" είναι ο κλάδος της Φαρμακευτικής που ασχολείται με τη μελέτη της χημείας του φαρμάκου. Ως φάρμακο νοείται η ένωση που λαμβάνεται από τον άνθρωπο (και κατ΄επέκταση και από άλλες μορφές ζωής) για θεραπευτικό σκοπό, είτε κυριολεκτικά για θεραπεία είτε για προληπτικούς λόγους. Το φάρμακο με την εισαγωγή του στον οργανισμό θα υποστεί ποικίλες, πολλές φορές πολύπλοκες και πολυεπίπεδες διαδικασίες που αφορούν στη δράση του, τη μεταβολική τροποποίησή του και τελικά την απέκκρισή του. Η μεγάλη ανάπτυξη της Βιολογίας μας έχει εφοδιάσει με σημαντικές γνώσεις σχετικά με τις λειτουργίες της ζωής σε κυτταρικό και μοριακό επίπεδο και η γνώση αυτή συνδυαζόμενη με τις πληροφορίες της Ιατρικής, έχει κάνει δυνατή σε πολλές περιπτώσεις την κατανόηση του τρόπου δράσης των φαρμάκων. Ο σκοπός της Φαρμακευτικής Χημείας είναι ακριβώς η αξιοποίηση των πληροφοριών της Βιολογίας και της Ιατρικής με τη συνεπικούρηση γνώσεων της πληροφορικής, της χημείας, της φυσικής και των μαθηματικών, ώστε να γίνει δυνατή η εξαντλητική μελέτη της επίδρασης του φαρμάκου στον οργανισμό.