Η διάλυση της Γιουγκοσλαβίας συνέβη σε μια κρίσιμη περίοδο και για τις άλλες βαλκανικές χώρες, οι οποίες διένυαν τα πρώτα χρόνια μιας μεταβατικής περιόδου από το σύστημα της κατευθυνόμενης οικονομίας στο σύστημα της αποκαλούμενης "ελεύθερης οικονομίας" και ως εκ τούτου ο αντίκτυπος σε αυτές από τα γεγονότα που διαδραματίστηκαν στη Γιουγκοσλαβία ήταν άμεσος και επέδρασε ιδιαίτερα αρνητικά στις προσπάθειες οικονομικής ανάπτυξής τους. Αρνητικές οικονομικές συνέπειες υπήρξαν και για την Ελλάδα, λόγω του ότι η Γιουγκοσλαβία εξασφάλιζε στα ελληνικά προϊόντα άνετη προσπέλαση στις σημαντικότερες γι' αυτά αγορές της δυτικής Ευρώπης, αλλά κυρίως λόγω των ευρύτερων αρνητικών πολιτικών και οικονομικών επιπτώσεων σε ολόκληρη τη βαλκανική περιοχή. Με τα πολεμικά γεγονότα στη Γιουγκοσλαβία, τα Βαλκάνια έγιναν εκ νέου δακτυλοδεικτούμενα και καταδικάστηκαν συνολικά σε οικονομικό μαρασμό. Η πολεμική εμπλοκή των χωρών του ΝΑΤΟ όχι μόνο έβλαψε οικονομικά το σύνολο των Βαλκανίων, αλλά κατέστρεψε και το κλίμα συνεργασίας μεταξύ των βαλκανικών κρατών, που είχε διαδεχθεί μια μακρά περίοδο απλής ειρηνικής συνύπαρξης. Πονηροί υπολογισμοί, που θύμιζαν την εποχή των βαλκανικών πολέμων (1912-1913), εμφανίστηκαν πάλι στο προσκήνιο με συνέπεια να έχει παγιωθεί σήμερα μεταξύ των βαλκανικών χωρών μια ατμόσφαιρα δυσπιστίας, που μάλλον θα αργήσει να φύγει, εφόσον επιτείνεται και από ανταγωνιστικές συμπεριφορές.